Одним із методів діагностики Babesia spp є полімеразно-ланцюгова реакція в реальному часі (Real-time PCR). Цей метод дозволяє виявляти наявність ДНК бабезій у зразках біологічного матеріалу пацієнтів. Для цього використовують специфічні праймери та проби, які реагують лише з ДНК боррелій та дозволяють виявити їх наявність з високою чутливістю та специфічністю.